# ========= [INFO] ==========
# Mut inCB: not accepter mutation in BC
# Mut inMS: 2
# InputBAM: 9-N3-12cycles-IDT.A20.merged.withUMI.group.identity.bam
# seq_deb : GTGATAGTC
# seq_fin : TCTCT
# MS_seq : A
# excl : C,G,T
# nom  : A20
# typeF: IDT
# log file: 9-N3-12cycles-IDT.A20.merged.withUMI.group.identity.A20.seq.log
# =============================
#
#-------------- Filt ------------------
# condiGrep: GTGA.AGTCA.+AAA.+A.CTCT|GTGA.AGTCA.+AAA.+AT.TCT|GTGA.AGTCA.+AAA.+ATC.CT|GTGA.AGTCA.+AAA.+ATCT.T|GTGA.AGTCA.+AAA.+ATCTC.|GTGAT.GTCA.+AAA.+A.CTCT|GTGAT.GTCA.+AAA.+AT.TCT|GTGAT.GTCA.+AAA.+ATC.CT|GTGAT.GTCA.+AAA.+ATCT.T|GTGAT.GTCA.+AAA.+ATCTC.|GTGATA.TCA.+AAA.+A.CTCT|GTGATA.TCA.+AAA.+AT.TCT|GTGATA.TCA.+AAA.+ATC.CT|GTGATA.TCA.+AAA.+ATCT.T|GTGATA.TCA.+AAA.+ATCTC.|GTGATAG.CA.+AAA.+A.CTCT|GTGATAG.CA.+AAA.+AT.TCT|GTGATAG.CA.+AAA.+ATC.CT|GTGATAG.CA.+AAA.+ATCT.T|GTGATAG.CA.+AAA.+ATCTC.|GTGATAGT.A.+AAA.+A.CTCT|GTGATAGT.A.+AAA.+AT.TCT|GTGATAGT.A.+AAA.+ATC.CT|GTGATAGT.A.+AAA.+ATCT.T|GTGATAGT.A.+AAA.+ATCTC.
# condiSet1: s/\t.*GTGA.AGTCA/\tA/;s/\t.*GTGAT.GTCA/\tA/;s/\t.*GTGATA.TCA/\tA/;s/\t.*GTGATAG.CA/\tA/;s/\t.*GTGATAGT.A/\tA/
# condiSet2: s/A.CTCT.*$/A/;s/AT.TCT.*$/A/;s/ATC.CT.*$/A/;s/ATCT.T.*$/A/;s/ATCTC..*$/A/
#--------------------------------------
